Используя генетические данные почти 30 000 человек, исследователи Mount Sinai построили оценки риска на основе комбинации наборов данных, представляющих различные предковые популяции, которые улучшают прогноз риска воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК), включая болезнь Крона и язвенный колит. Исследование было опубликовано в Gastroenterology 24 декабря.
Исследователи обнаружили, что оценка полигенного риска, построенная с использованием данных ассоциации из нескольких популяций в многоэтническом биобанке BioMe на горе Синай, максимизировала прогнозы ВЗК для каждой популяции в биобанке. BioMe – это общесистемная программа Mount Sinai, которая революционизирует диагностику и классификацию заболеваний в соответствии с молекулярным профилем пациента. Исследование показало, что оценки риска, рассчитанные на основе интеграции данных, значительно улучшили прогнозы среди лиц европейского, еврейского ашкеназского и латиноамериканского происхождения в BioMe, а также среди европейцев в Биобанке Великобритании, который содержит биологические и медицинские данные о полумиллионе человек в возрасте. 40 и 69 живут в Великобритании. Прогностическая сила была ниже для пациентов с африканским происхождением, вероятно, из-за значительно меньшего объема справочных данных и значительно большего генетического разнообразия в популяциях африканского происхождения.
"Способность точно предсказать риск генетических заболеваний у людей разных предков является важным направлением, которое может положительно повлиять на результаты лечения пациентов, поскольку ранние вмешательства и даже профилактические меры рассматриваются и разрабатываются," говорит старший автор исследования Джуди Х. Чо, доктор медицины, декан трансляционной генетики и директор Института персонализированной медицины Чарльза Бронфмана в Медицинской школе Икана на горе Синай. "Эти результаты подтверждают необходимость большего генетического разнообразия, включая больше данных о популяциях афроамериканцев, для улучшения прогнозов риска заболеваний и уменьшения неравенства в отношении здоровья для всех групп населения."
Эти полигенные оценки риска – представляющие оценку общего риска, основанную на сумме многих, в основном распространенных, генетических вариантов человека – были рассчитаны с использованием данных ассоциации ВЗК из когорт европейского, афроамериканского и еврейского происхождения ашкенази. Кроме того, исследователи оценили редкие варианты генов, связанных с очень ранним началом ВЗК в каждой популяции, и обнаружили, что афроамериканские носители необычных вариантов LRBA показали сниженную экспрессию обоих белков LRBA и CTLA-4. Дефицит LRBA увеличивает восприимчивость к ВЗК и приводит к более низкой экспрессии CTLA-4, которую можно обратить вспять с помощью обычно назначаемого противомалярийного препарата хлорохина. Будущие исследования Лаборатории Чо будут сосредоточены на прогнозировании, какие подгруппы пациентов могут выиграть от нацеливания на этот путь.
"Поскольку снижение экспрессии LRBA и CTLA-4 может привести к ВЗК, обнадеживает тот факт, что хлорохин способен частично восстанавливать экспрессию," говорит первый автор исследования Кайл Геттлер, доктор философии.D., докторант кафедры генетики и геномных наук Медицинской школы Икана на горе Синай.