Благодаря разработке нового недорогого микрочипа для генотипирования OncoArray, исследователи из Дартмута провели ключевое совместное исследование, которое революционизирует наши знания о причинах распространенных видов рака.
OncoArray состоит из 230000 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), каждый из которых представляет собой различие в одном строительном блоке ДНК или нуклеотиде. Эти вариации действуют как биологические маркеры, помогая ученым находить гены, связанные с раком, и приводят к лучшему пониманию риска развития и наследования генов болезней.
Одна из основных трудностей связана с необходимостью координации консорциума, который собирал образцы и данные SNP со всего мира. Чтобы решить эту проблему, исследователи Дартмута во главе с Кристофером Амосом, доктором философии, профессором Дартмута и временным директором онкологического центра Норриса Коттона, сформировали консорциум из нескольких учреждений, финансируемых из нескольких источников. Консорциум разработал подходы к контролю качества отбора SNP, выбора сайта, а также точности генотипирования и анализа предков. "Мы стремимся понять причины распространенного рака, включая генетические и экологические, а также их взаимодействие," объясняет Амос. Подробная информация о цели и задачах консорциума, "Консорциум OncoArray: сеть для понимания генетической архитектуры распространенных видов рака," были недавно опубликованы в журнале Cancer Epidemiology Biomarkers.
Консорциум генотипировал 447705 образцов из 494 763 SNP, которые прошли этапы контроля качества с вероятностью успеха 97%. Результаты этого анализа позволят исследователям идентифицировать и картировать новые локусы восприимчивости, связанные с множественными видами рака, оценивать риск, связанный с конкретным заболеванием, и моделировать генетические, экологические и связанные с образом жизни воздействия. "Новая платформа, которую мы разработали для генотипирования, оказалась весьма успешной, позволив нам опрашивать более 440 000 человек с высокой точностью и низкой стоимостью. Такой подход позволит нам идентифицировать очень большое количество новых генетических факторов, влияющих на риск рака, и различать роли факторов окружающей среды," объясняет Амос. "Предварительные исследования выявили более 100 новых локусов, способствующих распространенным видам рака, включая рак легких, толстой кишки, груди, яичников и простаты. Кроме того, новая технология была применена к исследованиям глиомы, рака головы и шеи, а также рака яичек и дала ключевые выводы."
Амос ожидает, что в результате анализа консорциума появятся несколько десятков документов. Первая из этих работ, в которой анализируются локусы восприимчивости к раку полости рта и глотки, уже опубликована в этом месяце в Nature Genetics.