Новая онлайн-база данных, объединяющая информацию о симптомах, семейном анамнезе и генетическом секвенировании, ускоряет поиск заболеваний, вызванных одним геном-изгнателем. Как описано в статье в майском выпуске журнала Human Mutation, база данных, известная как PhenoDB, позволяет любому клиницисту документировать случаи необычных генетических заболеваний для анализа исследователями из Медицинской школы Университета Джона Хопкинса или Медицинского колледжа Бейлора в Хьюстоне. Если комитет по обзору соглашается, что у пациента действительно может быть ранее неизвестное генетическое заболевание, пациенту и некоторым членам его семьи может быть предложено бесплатное комплексное генетическое тестирование для выявления виновника заболевания.
"PhenoDB намного полезнее, чем я даже думал," говорит Ада Хамош, M.D., M.п.ЧАС., профессор Института генетической медицины МакКьюзика-Натанса Медицинской школы Университета Джона Хопкинса. "Объединение всей этой информации имеет решающее значение для выяснения того, что означают наши генетические вариации." База данных предназначена для сбора набора стандартизированной информации о фенотипе, который Хамош определяет как "любая характеристика человека"- симптомы, личный и семейный анамнез, внешний вид и т. Д.
Хамош и другие разработали PhenoDB для Центра Менделирующей геномики Бейлора-Хопкинса (BHCMG), четырехлетней инициативы, которая вместе с коллегами из Йельского и Вашингтонского университетов направлена на раскрытие генетических корней каждого расстройства, вызванного единственный дефектный ген. По оценкам Хамош, существует около 3000 наследственных заболеваний, фенотипически описанных в научных статьях, но генетические причины которых еще не определены, но, поскольку многие одногенные расстройства чрезвычайно редки, она подозревает, что многие другие заболевания еще не достигли своей цели. литература.
Центры менделевской геномики имеют в своем распоряжении мощный инструмент, известный как секвенирование всего экзома. Всего несколько лет назад, объясняет Хамош, генетик, пытающийся диагностировать причину наследственного заболевания, сделал бы обоснованное предположение, основанное на признаках и симптомах пациента, о том, какой ген может быть виноват, и назначил бы тест этого гена. Если тест окажется отрицательным на мутацию, она закажет тест другого гена и т. Д. Но секвенирование всего экзома, при котором за один раз секвенируется около 90% генов человека, неуклонно дешевеет, и именно этот инструмент Центры будут использовать для сбора информации о генетическом секвенировании (следующим шагом будет секвенирование всего генома). шаг, но он остается слишком дорогим для многих применений, отмечает Хамош, поскольку включает в себя всю ДНК человека, большая часть которой не содержит генов).
Однако понимание огромного количества данных, полученных с помощью секвенирования всего экзома, представляет собой свои собственные проблемы. "У среднего человека есть десятки тысяч отклонений от стандартной генетической последовательности," Хамош объясняет, "и мы не знаем, что означают большинство этих вариантов." Она говорит, что для анализа этих вариаций, "одна из вещей, которую необходимо изменить, – это то, что лаборатория, проводящая тестирование, должна иметь полный фенотип, с головы до пят." Тогда исследователи будут лучше оснащены, чтобы выяснить, какие варианты могут иметь отношение к болезни пациента, а какие нет. Еще одно преимущество базы данных заключается в том, что она позволяет коллегам из удаленных мест, таким как Бейлор и Джонс Хопкинс, безопасно получать доступ к информации и сотрудничать. Хамош отмечает, что база данных позволяет разным пользователям получить разные уровни доступа – например, поставщик медицинских услуг сможет видеть только ту информацию, которую он или она ввел, – и эта информация деидентифицируется для защиты конфиденциальности пациентов. Кроме того, для включения в PhenoDB поставщики услуг должны иметь согласие пациентов.
По словам Хамоша, PhenoDB будет полезен для любого исследовательского проекта, который стремится сопоставить геномную информацию с ее фенотипическими эффектами, и с учетом этого Центр Менделирующей геномики Бейлора-Хопкинса предоставил программное обеспечение PhenoDB для бесплатной загрузки по адресу http: // фенодб.сеть. Она прогнозирует, что аналогичные инструменты скоро будут включены и в электронные медицинские карты, так что "врачи будут иметь под рукой геномную информацию пациентов и могут комбинировать ее с информацией об истории болезни, симптомах болезни и социальной ситуации, чтобы практиковать действительно индивидуализированную медицину."